Tras Eslovenia, Croacia y Macedonia, la oleada independentista dentro de una Yugoslavia liderada por Serbia, pronto se extendió a Bosnia-Herzegovina. Desde el 20 de diciembre de 1990 Bosnia estaba gobernada por el nacionalista Alija Izetbegović, del Partido de Acción Democrática. El malestar se hace sentir entre los serbobosnios y los bosniocroatas. Los primeros se organizan en torno a una serie de gobiernos regionales que, en el 9 de enero de 1992, poco menos de dos meses antes del referéndum de independencia, se fusionarían en la Republika Srpska, bajo el mando de Radovan Karadžić. Los serbocroatas por su parte se organizan en la llamada República Croata de Herzeg-Bosnia, liderada por Mate Boban.
La firma
de un alto al fuego en Croacia y la intervención de los cascos azules en esta
misma región permitió que el Ejército Popular Yugoslavo (JNA) centrase todas
sus fuerzas en aplastar a los independentistas bosnios. Milošević buscaba unir
Serbia con la República de Krajina en Croacia y con la Republika Srpska por lo
que a comienzos de abril de 1992 el JNA comienza a tomar posiciones dentro de
los territorios serbobosnios con la ayuda de las milicias paramilitares. En la
localidad de Bijeljina cerca de setenta bosniacos musulmanes son asesinados por los Tigres de
Arkan. Sarajevo queda dividida entre barrios bosniacos y serbios. El JNA se retira de la capital bosnia si bien las fuerzas paramilitares serbias, lejos de retirarse, pondrán en marcha una campaña de intensos bombardeos de artillería sobre la ciudad que se saldó con centenares de muertes civiles.
Durante
las etapas iniciales de la guerra, Croacia apoyaría tanto al gobierno bosnio
como al de Herzeg-Bosnia, ya que en un principio los bosniocroatas colaboraron
con el gobierno de Alija Izetbegović contra los serbios. Por otro lado, el 6 de mayo Karadžić
y Boban se reúnen en Graz, Austria, donde acuerdan un alto al fuego entre la Republika
Srpska y la Herzeg-Bosnia. Se llega incluso a debatir sobre una hipotética
división de Bosnia entre Croacia y Serbia, algo que ya habían considerado en
1991 Milošević y Franjo Tuđman. Sin embargo, el estallido de la guerra entre
Croacia y Yugoslavia ese mismo año había impedido que este plan se llevase a
cabo. Las negociaciones entre Karadžić y Boban igualmente fracasan. Con todo, la relación entre Boban y Izetbegović se deteriora
hasta el punto de que para otoño de 1992 ya se puede hablar de una guerra a
tres bandas entre serbios, croatas y bosniacos.
El 27 de
abril la República Federativa Socialista de Yugoslavia se disuelve oficialmente
para dar paso a la República Federal de Yugoslavia, integrada por Serbia y
Montenegro y desprovista del socialismo propio del período titoísta, socialismo
que de cualquier forma para finales de la década de 1980 ya había desaparecido en su totalidad.
El 5 de
junio la Fuerza de Protección de las Naciones Unidas (UNPROFOR), desplegada en
la vecina Croacia, es movilizada en Bosnia. A diferencia de en Croacia, donde
la UNPROFOR tenía como objetivo hacer espetar el alto al fuego, en Bosnia,
donde no se había firmado ninguna tregua, la ONU se encargaría de asegurar el
aeropuerto de Sarajevo, escoltar las entregas de ayuda humanitaria y establecer
aéreas seguras con el objetivo de evitar limpiezas étnicas.
Las
ofensivas serbias de 1992 logran hacerse con la mayoría del territorio bosnio,
pero fracasan en su intento de tomar Sarajevo. El conflicto entre bosniacos y
croatas crece de intensidad y a comienzos de 1993 los musulmanes lanzan una
ofensiva contra las milicias croatas de Boban. El ataque es un éxito y Franjo
Tuđman se ve obligado a mandar tropas regulares al interior de bosnia. Occidente
presencia esta campaña con cierto grado de confusión, ya que tanto croatas y bosniacos eran
favorables a los intereses atlantistas de la OTAN y la Comisión Económica
Europea.
El
ejército croata penetra en Bosnia, arrebatando posiciones no sólo a los
musulmanes, sino también a los serbobosnios, incluyendo la importante localidad
de Mostar. Por otro lado, las localidades orientales de Srebrenica, Zepa y
Gorazde permanecen en manos bosniacas, rodeadas y asediadas por las fuerzas de
la República Srpska.
La
propuesta occidental para solucionar el conflicto bosnio pasaba por el Plan
Vance-Owen: la división de Bosnia-Herzegovina en diez cantones étnicos. El plan
favorecía a los croatas y perjudicaba a serbios y bosniacos. Con todo, Milošević aceptará
la propuesta, ya que significaba el final de las durísimas sanciones
internacionales y evitaba nuevas. Sin embargo Radovan
Karadžić se niega a aceptar el plan. La guerra continuará.
Milošević
limitará el apoyo a los serbobosnios y mantendrá un perfil bajo. La OTAN pone
sus ojos en la Republika Srpska y ya no tanto en Yugoslavia. Ante las amenazas de un
bombardeo por parte de la OTAN, los serbobosnios retiran la artillería de las
afueras de Sarajevo, una tregua que no dura mucho. Durante el verano y el otoño
de 1994 la UNPROFOR pedirá en varias ocasiones a la OTAN que realiza ataques
aéreos contra objetivos de la Republika Srpska en las cercanías de la capital
bosnia.
A mediados
de 1995 el general serbobosnio Ratko Mladić pone en marcha una ofensiva contra
los enclaves bosniacos de Srebrenica y Zepa, débilmente protegidos por la ONU.
La toma de Srebrenica se llevó a cabo con escasa resistencia. Una vez tomada la
ciudad, más de ocho mil personas fueron asesinadas por el ejército de la Republika
Srpska. En Zepa por el contrario no se llevaron a cabo masacres, solamente el
desplazamiento forzoso de todos los bosniacos de la localidad.
La
brutalidad serbia en Srebrenica lleva a que la comunidad internacional pase por
alto la Operación Tormenta, la campaña de limpieza étnica llevada a cabo por
los croatas en agosto contra la comunidad serbocroata. Krajina es ocupada
prácticamente en toda su totalidad y más de doscientos mil refugiados huyen de
Croacia. Igualmente, la masacre
de Srebrenica es utilizada como argumento por la OTAN para poner en marcha la Operación
Fuerza Deliberada: entre el 30 de agosto y el 20 de septiembre de 1995 las
fuerzas aéreas de las distintas fuerzas de la OTAN realizarán más de tres mil
quinientas salidas. Solamente un avión occidental, un Mirage 2000 francés, es derribado.
Los
serbobosnios sin embargo se mostraban dispuestos a seguir luchando, a
diferencia de Milošević, que buscaba por todos los medios poner fin al conflicto.
El inicio de una potente ofensiva bosniaca, los avances croatas tras la
Operación Tormenta y la mediación del patriarca ortodoxo llevaron a que la Republika
Srpska a acceda a que Milošević hablase en su nombre.
Las
negociaciones finales comenzaron el 31 de octubre. El 21 de noviembre Milošević,
Izetbegović y Tuđman llegan a un acuerdo. A través de llamado Acuerdo de Dayton,
Bosnia-Herzegovina quedaba dividida en dos sujetos dentro de un mismo país: la
federación bosnio-croata y la Republika Srpska.
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